阿古柏的反击是趁着月色展开的，为了加强这次进攻的突然性阿古柏甚至没有联络城中的内应就直接开始指挥部队攀爬城墙，这个时候城上负责守卫的士兵大多数都去睡了，仅有的几个岗哨也找了一个背风的地方扎在一起聊起了天，入疆以后大家都很不习惯这里昼夜的温差，这次的胜利来的如此容易同样也让这些士兵产生了轻敌的心理，一直到浩罕人摸上城头才有人发现。
清脆的枪声在城内响起，曾国荃在军中多年，睡觉的时候已经养成了警觉的习惯，所以在第一声枪响之后他就从睡梦中醒了过来，而且意识到自己的疏忽。黑暗中不断有骑兵在街上跑过，曾国荃也不知道究竟来了多少敌人，只能组织各营的兵勇向一块靠拢同时准备撤出城去。
在这一夜的战斗中曾国荃亲自率领他的卫队守住库车城的东门，一队一队的士兵从这个门撤出去在城外集合，阿古柏数次想要攻下东门把清军留在这座乱成一团的城中，可是始终无法成功。就这样到天色渐亮的时候大部分的清军都已经撤到了城外，而这个时候曾国荃也发现敌人的数量并不多，但是极其彪悍，再看看城外自己部队衣衫不整的样子，曾国荃知道这一战自己输了，不过他相信自己能够找回来，因为城外的那支部队虽然士气低迷，但是他们并没有掉头逃走，实际上这些人始终盯着城头上竖着的帅旗，同时昨天晚上虽然慌乱，但是大部分士兵并没有丢弃他们的武器，所以曾国荃仍然相信这些手下，这次的失败是因为自己的疏忽大意，而不是他的军队有什么不好，湘军历史上曾经经历过多次失败，但是总是能够重新站起来，曾国荃相信这一次自己同样能够渡过这道难关。
阿古柏也看出这支汉军还没有完全丧失斗志，所以他并不过分追赶，而是利用他的部队大部为骑兵的特点进行追击，库车距玉古尔足有两百里，阿古柏认为以汉军目前的状态只要在沿途不断的进行冲击他们迟早会彻底的崩溃，然后那就是一场屠杀了。
曾国荃相信只要自己能退到阿巴特就能够组织起有效的防御，同时也能获得驻守在玉古尔守军的支援，当然这并不代表后撤到阿巴特就是一件很轻松的任务，浩罕人就像一条恶狼一般紧紧的跟在身后，时不时的就会猛冲上来，曾国荃指挥部队且战且走行进的速度非常缓慢，唯一让他感到欣慰的是士兵们都很明白在这片广袤的戈壁上队伍一旦分散所有人的命运都将是死亡，因此曾国荃最害怕的溃逃并没有发生。但是今天晚上究竟该如何度过曾国荃还不知道，戈壁滩深秋的夜晚非常的寒冷，同时黑暗也将会给猎食者提供最好的保护。
对于汉军的战斗力阿古柏感到十分的吃惊，不过他并不认为这会妨碍他摘取胜利的果实，他已经派遣一支小分队绕过曾国荃到前面破坏水井和村镇了，相信明天汉人就会尝到焦渴的滋味了，到那个时候每到一处水源汉人就会慌乱的四处找水，而他则可以抓住机会驱赶他们，最终将他们变成羊群。
就在双方都认为今天会这样平平淡淡过去的时候变数发生了，阿古柏突然得报在自己的后方有汉军在活动，这个报告如同一道闪电让阿古柏看到自己疏忽了什么，和曾国荃一样他也被辉煌的战果迷住了眼睛，只看到面前的肥肉，却没有想到潜伏的危险。在这场追击战中阿古柏本来兵力就不足，又要分兵去包抄，所以能派出的侦查力量非常有限，只能保证在部队行进的线路上不会有敌人的埋伏，而想要探查整个战场肯定是力不从心，更何况也没有人认为有这个必要。
“立刻放弃对敌人的追击，去沙雅尔。”阿古柏当机立断。
“不等弄清楚情况再作决定吗？而且偷袭阿巴特的部队怎么办，我们要是掉头就走他们会被汉人吃掉的。”海拉尔觉得他的父亲有些太小心了，实际上探子还没有弄清楚后方汉军的规模。
“等弄清楚就晚了，立刻调头。”阿古柏明白在这一带活动的汉军绝对不会是小股部队，在这个距离上发现了敌人很可能代表着现在行动都已经太迟了。
阿古柏的担心并没有错，这一次各方都打着以快打慢的主意，所以行动之前都缺乏细致的准备，这就造成了库车混乱的战局，当左宗棠出现在库车的北方时其他人竟然毫无察觉，曾国荃认为他起码还要有一天的时间才能到达，而阿古柏就干脆没有想到北方还有一支汉军。
左宗棠自己率部重新夺回了库车，浩罕人入城之后在库车简单的烧杀了一番就去追赶曾国荃了，在库车留下的都是一些本地的内应，他们本来正在等待着浩罕主子胜利凯旋，没想到一眨眼库车又被汉军围了个水泄不通，城里刚刚被镇压下去的反浩罕力量立刻抬头，城墙上的战斗激烈而短促，很快大批的卖国贼就被抓了起来，库车城的大门再一次向王师打开，不过这一次入城显然不如迎接曾国荃的那样热烈，因为虽然只是一次小小的反复但是城中却减少了五分之一的人口，所以对比起昨天庆祝解放的欢快今天整个库车显得凝重了许多。
在这种凝重的气氛下一大批卖国贼掉了脑袋，左宗棠很高兴得看到老百姓以自己的行动来支持西征大业，他一方面探查周边情报、加强库车的防卫，另一方面仔细的询问了这次浩罕人反扑的情况，当他得知这次是阿古柏亲自带队的时候左宗棠立刻命令麾下大将刘锦棠把库车守好，自己则率兵跟着就追了下来，当浩罕的探马发现楚军的先头部队的时候左宗棠的主力距阿古柏只有二十里路了。
同阿古柏一门心思的追踪曾国荃不同，左宗棠的探马派的相当远，对于阿古柏的行踪他摸的还是很清楚的，当左宗棠一听到浩罕人调头的报告立刻命令部队展开向着阿古柏的方向包抄过去。
双方战斗开始的时候太阳已经渐渐的西沉，阿古柏为了杀开一条血路不断的催动他的部队冲击着汉军的阵地，而楚军凭借着火力上的优势一次次的打退他们的冲锋，当太阳躲藏到远方沙丘的后面，月亮代替了它主宰了这片杀戮之地，这个时候楚军的主力已经集中了起来，浩罕人只剩下了东面一条路可逃，可是他们也知道东面还有曾国荃的部队正在观望，置之死地的浩罕人充分展示了他们彪悍的天性，虽然他们冲不破左宗棠的防御，但是汉军的进攻也遭到他们猛烈的反击，这一战一支杀到月上中天曾国荃率队投入战场才算彻底的结束，左宗棠和曾国荃连夜清点死尸与俘虏，可是阿古柏和他的儿子却没有被找到，只抓住了阿古柏的外甥阿吉托拉。
左宗棠一边派出骑兵四面追捕一面拷问阿吉托拉，这个小子倒也算硬气，一直到第二天中午才在狂笑中道出了整件事情的原委，原来阿古柏看到汉军如此准确的拦截在他的归途上他就已经知道今天是凶多吉少了，当看到面对汉军还算稀松的防线他手下的骑兵两次出击都无功而返阿古柏明白这次想要全身而退已经是不可能了，大队人马想要绕开汉军的拦截非常的困难，因为从这里到沙雅尔沿途全是沙漠，这里看似广袤可实际上供人选择的线路并不多，汉军可以走直线抢占各个要点，而他想要避开敌人就需要大兜圈子，这种情况下汉军很容易就能把他的退路掐断。基于这样一个认识阿古柏决定利用夜色的掩护带着亲信小队偷偷离开，让大队人马吸引汉军主力的主意，而留下来指挥的就是他的外甥，到了这个时候阿古柏离开了将近一天，汉军已经不太可能追得上他了阿吉托拉才把这一切说了出来求一个痛快的了结。
左宗棠和曾国荃面面相觑，阿古柏此去肯定带了用于换乘的马匹，先行了将近一天的确很难再追得上，错失了这个良机让他们都大感懊悔。
“四千部下加上一个外甥，就这样说扔就扔了，这个阿古柏究竟是不是人啊？”左宗棠摇着头说道。
“季高兄还记不记得王爷是怎么评价那个阿古柏的？”曾国荃也是颇有感触，他这次输在阿古柏之手，如果不是左宗棠突然出现自己很有可能全军覆没，所以再也不敢轻视这个对手了。
“这我倒是记得，王爷说这个阿古柏幸好是生在浩罕这艘快要沉的船上，如果生在哪个强国绝对能够建立不世的功业，别的不敢说，起码狠辣这一项他算是够格，”左宗棠又掉过头来问阿吉托拉：“这一战你留下来指挥简直就是死路一条，没想到你们这些禽兽一般的浩罕人中也有这样的忠义之士。”
阿吉托拉听完通译的翻译愣了大概有十几秒钟，然后爆发出一阵狂笑，这阵笑声把左宗棠弄得有些莫名其妙，他不知道自己的话有什么好笑，只好狠狠的瞪了通译一眼，觉得肯定是这个家伙胡翻一气惹的蛮族耻笑。
好容易阿吉托拉笑完了，摇着头说道：“我早就听说你们这帮汉人整天就会说什么仁义道德，讲的那些东西能把人笑死，当年我舅舅为了谋一个向上爬的机会把我母亲献给一位伯克做妾，你居然在这里讲什么忠义。”
拿自己的亲人去讨好上司的事左宗棠也听说过一些，这些人当然都受到了他的鄙视，不过对阿古柏却有些鄙视不起来，“行事无所不用其极，也难怪他能搅动西陲的风雨，阿古柏这样做我能够理解，可是对于你我就有些不明白了，你舅舅如此对待你的母亲为什么你还愿意替他卖命呢？”
“我母亲是心甘情愿被送出去的，舅舅是这个家族的主干，我们都是枝叶，为了主干牺牲一些枝叶本来就是天经地义的事情，那里用得着你们的那些废话。”在这里阿吉托拉有一件事没有说，那就是如果一旦阿古柏表现出无法再扮演主干这个角色阿吉托拉会毫不犹豫的将他踢下去，西北恶劣的环境的确在这个家族培养出了一种特有的狼性。
左宗棠也的确发现在西北人们家族的观念特别浓厚，在湖南人们宗族观念虽然也很重但是还没有到能够压倒其他一些价值观的地步。
“看来这浩罕人的确和我们不大一样，你觉得该如何处置他们？”左宗棠觉得无法从俘虏那里得到更多的东西就转而向曾国荃征求处置俘虏的意见。
曾国荃在这一战中死伤惨重，而他的性格外向，既然吃了亏自然就想要找回来，“那还用说，自然是全杀了，安集延人豺狼之性，你对他们好也没用，杀了最干脆。”
这个建议挺合左宗棠的心思，他也觉得这些俘虏留不得，不过还有些犹豫。
曾国荃看出左宗棠的踌躇，想了一下又提出了另一个建议，“林师长在西面处理安集延人的手法颇为巧妙，我觉得我们倒是可以学一下。”
“哦？说来听听。”左宗棠知道林雨长迅速的攻下了安集延，不过林雨长怎么处置安集延人他就不知道了。
“林师长把他斩获的头颅用大车装回来到各地传阅，那些和安集延人有仇的还可以申请一个拿回家去泄愤，一下子就把那些回回都调动起来了。”
“这样啊，不过这并不是杀俘，那只是在战场上斩获的首级，我倒是听说他在战事结束后并未大肆屠戮安集延人。”
“这就要活学活用了，林师长用死的，咱们却可以用活的，这些安集延人哪个手上不是沾满我们西北各族同胞的鲜血，不如咱们就开个公审大会，让大家控诉安集延人的暴行，最后把这些安集延人交给库车的老百姓处置，这就不算是杀俘了吧。”
左宗棠眼睛一亮，“你这招很有意思啊，真是妙计，看不出来沅甫兄还有这样的谋略。”左宗棠觉得这一招处置了安集延的俘虏，同时加深了本地维吾尔人、哈萨克人同安集延人之间的仇恨，再加上此举还可以收买人心，实实在在是一个好主意，不过据他所知曾国荃并不是一个擅长阴谋的人。
“我也是跟别人学的，王爷不就是用这一手对付西班牙人的嘛。”曾国荃谦虚地说道。
阿古柏带着自己的儿子一路逃回赛喇木之后深感汉军势大，干脆又向后撤到了拜城，在这里遇到了东进的主力才重新回到赛喇木与左宗棠遥遥相对。说起来这一战双方互有伤亡，汉军的损失还要大过阿古柏，不过阿古柏毕竟是全军覆没，这在心理上对他的打击颇大。再加上库车的公审大会把一千多名俘虏还有他的外甥一起送上了天堂，敌人的狠辣也让阿古柏颇感担忧，心存疑虑的阿古柏暂时不敢轻举妄动，于是不断的进行小规模的试探来寻找左宗棠的破绽。而左宗棠也充分吸取了上一次曾国荃战败的教训，把库车到沙雅尔一线守的风雨不透，他在等待李富贵答应给他们补充的军火，只要这批军火一到曾国荃部基本上就能恢复战力，再加上两支部队整合完毕，那时他将完成最后的准备。
阿古柏在赛喇木也感觉到了汉军变得越来越强，这并不出人意料，既然是主力会战汉军的力量自然会不断的加强，他也明白时间不在他这一边，可是他对此却没有什么好办法，这是他第一次面对一支现代化兵器装备起来的部队，阿古柏很快发现沙漠地形竟然对对方有利，在沙漠中作战骑兵不管是冲击还是迂回都受到诸多限制，一望无际的戈壁让埋伏和隐蔽也变得十分困难，而对方的火力优势则完全没有受到任何影响，在大多数的冲突中浩罕人都吃了亏。阿古柏在正面无法打破左宗棠的防御就只好把扭转乾坤的希望放在他的长子胡里了，这个时候林雨长正把浩罕闹得鸡犬不宁，阿古柏觉得是时候切断林雨长的退路了，在阿古柏的计算中自己不需要获得全面的胜利，李富贵现在把一只巴掌抡圆了扇过来，如果让他结结实实的打上的确会被拍得死死的，但是在这个过程中他只需要斩断汉军的一根手指那对手就会因为疼痛而把巴掌收回去，所以他对于自己的未来仍然充满信心。
